A edição de 31 de março de 1996 do Diário de Notícias não foi a tempo de noticiar a vitória do atual Presidente da República, mas deu conta de uma acesa disputa com Pedro Santana Lopes que prometia fraturar o partido.."Marcelo e Santana perdem o PSD", podia ler-se na manchete. "O duelo entre Marcelo Rebelo de Sousa e Pedro Santana Lopes marcou o segundo dia do congresso do PSD. Independentemente do resultado final, o futuro líder social-democrata vai herdar um partido dividido cuja conciliação não será fácil", escreveu o DN..Marcelo haveria de permanecer como líder do PSD até 1 de maio de 1999, tendo viabilizado três orçamentos do Estado do governo (minoritário) do socialista António Guterres e reatado as relações institucionais entre PSD e PCP, que se encontravam cortadas há cerca de duas décadas..Enquanto líder dos sociais-democratas, sugeriu a realização de dois referendos nacionais em que as suas posições sairiam vencedoras, sobre o aborto e a regionalização administrativa..Acabou por nunca concorrer a eleições legislativas, pois foi já sob a presidência de Durão Barroso que o PSD se apresentou no sufrágio de outubro de 1999.
